Flavonoidi so tretja skupina spojin, ki so prisotni v konoplji in so sekundarni rastlinski metaboliti. V svetu jih je odkritih in raziskanih že več kot 5000. Delimo jim na flavonoide, izoflavonoide in neoflavonoide. Najbolj so poznani po antioksidativnih lastnostih oziroma delovanju. Večina flavonoidov je biološkega oz. naravnega izvora, zaradi česar jih imenujemo tudi bioflavonoidi.

Flavonoidi so rastlinski pigmenti in dajejo barvo cvetovom in plodovom. Rdeča, rumena in modra je značilna in izhaja iz različnih flavonoidov, hkrati rastlino ščitijo pred mikrobi in insekti. Zaradi potencialnih zdravilnih učinkov so postali flavonoidi zanimivi za potrošnike in živilsko industrijo, saj imajo antialergijsko, antiinflamatorno, antimikrobno in antikancerogeno delovanje.

Flavonoide uživamo in v telo vnašamo predvsem z velikimi količinami zaužitega sadja in zelenjave. Med pomembnejše spadata kvercetin in epikatehin. Za kvercetin je bilo v študijah ugotovljeno, da je izmed vseh najbolj aktiven flavonoid, za epikatehin pa je bilo ugotovljeno, da izboljša pretok krvi in s tem pozitivno vpliva na kardiovaskularni sistem.

Flavonoide najdemo predvsem v agrumih, jagodičevju, čebuli, stročnicah, čaju, rdečemu vinu in temni čokoladi. V agrumih so prisotni predvsem hesperidin, kvercetin, rutin in tangeritin. V zelenem čaju najdemo kemferole in katehine, k imajo potencialno antioksidativno delovanje in lovijo proste radikale. Lupine rdečega grozdja so bogat vir flavonoidov in drugih polifenolov (razveratrol).

Unikatni flavonoidi, ki so značilni in jih najdemo zgolj v konoplji, so kanaflavini. Obstaja več različnih, najbolj znana in zastopana sta kanaflavin A in kanaflavin B.